In zijn gewelddadige en notoire westernklassieker – overladen met psychedelische beelden – vertolkt regisseur Alejandro Jodorowsky zelf het titelpersonage van ‘The Mole’, een begenadigd revolverheld die met zijn jonge zoon (Brontis Jodorowsky) door een magisch woestijnlandschap reist om af te rekenen met vier met scherp schietende tegenstanders.

Revolverheld El Topo rijdt door de woeste woestijn op wraakmissie. El Topo wordt overtuigd door een vrouw genaamd Mara om op een missie te gaan waarbij hij vier grootmeesters van de woestijn moet verslaan, zodat hij de grootste pistoolheld van het land wordt. Hij besluit zijn zoon achter te laten en samen met Mara en een mysterieuze vrouw in het zwart gaat hij op weg. Enkele jaren later wordt El Topo wakker in een grot, waar hij is verzorgd door een aantal lichamelijk gehandicapte personen. Zijn nieuwe missie is om ervoor te zorgen dat de gehandicapten de grot uit kunnen en zich kunnen mengen tussen de mensen uit het nabijgelegen dorpje, dat op zijn minst erg apart mag worden genoemd.

De film is surrealistisch-komisch, extreem symbolisch en doordrenkt met bloed. Alle connecties met de werkelijkheid worden door Jodorowsky losgelaten. Jodorowsky was voor deze film regisseur, schrijver, componist en hij speelde bovendien de hoofdrol.